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专门人民检察院是在特定的组织系统内设置的检察机关，以其专属的管辖权和所保护的特定社会关系而有别于其他检察机关。
我国设置的专门人民检察院包括军事检察院和铁路运输检察院。
军事检察院是国家设置在人民解放军系统的法律监督机构，属于军队建制，是我国检察机关的组成部分，在最高人民检察院和解放军总政治部领导下工作。
按照地区设置和系统设置相结合的原则，军事检察院设置分为三级，即中国人民解放军军事检察院大军区、空军、海军军事检察院地区军事检察院、空军军一级军事检察院和海军舰队军事检察院。各级军事检察院的检察委员会由同级政治部批准组成。
军事检察院的职权是对军职人员的犯罪案件行使检察权，按照专属管辖权的原则，受理现役军人、军队文职人员和在编职工的犯罪案件。
军事检察院按照刑事诉讼法和军委有关文件的规定，对上述人员的贪污、贿赂犯罪，侵权、渎职犯罪以及利用职务实施的违反军人职责的犯罪依法实施侦查，对军队保卫部门侦查的刑事案件审查批捕和审查起诉，依法对军队保卫部门、军事审判机关实施侦查监督、审判监督以及刑罚执行进行监督。
铁路运输检察院是国家设置在铁路运输系统的检察机构，也是我国检察机关的组成部分。
铁路运输检察院由铁路运输检察分院、基层铁路运输检察院组成，由所在的省、自治区、直辖市人民检察院领导。
铁路运输检察院基本任务是按照法律规定行使检察权，打击和防范在铁路运输系统所辖区域中包括铁路沿线、列车、车站、铁路企业事业单位等发生的各种违法犯罪活动和铁路工作人员危害交通运输的违法犯罪活动，维护国家的法律、法令在铁路运输系统的统一实施，维护正常的铁路运输秩序、生产秩序和工作秩序，保护铁路财产和铁路运输物资不受非法侵害，保护广大旅客和铁路职工的人身权利、民主权利和其他合法权益不受侵害。
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