为了这场正义审判，最高人民检察署积极向全国公安、检察、大专院校、涉外单位等借调干部。此项工作得到各地大力支持，很快便有200余名侦讯员、调查员、书记员、翻译员等工作人员齐集北京待命。1954年2月，由李甫山担任主任委员的最高人民检察署东北工作团正式成立。 为统一思想认识、解决侦讯技术与业务问题，最高人民检察署在北京真武庙开办了全封闭保密的集训班。考虑到外交需要，对关押这批战犯的情况，特别是将要对其进行侦查、审判，都是保密的。因此，这次集训被称为最高人民检察署举办的“侦查训练班”。
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为打开僵局，东北工作团还创造性地发动了一场认罪检举风暴——采取了小、中、大会相结合，背靠背和面对面相结合的方式进行。经过组织动员，一场声势浩大的自己交代罪行，检举揭发上级罪行的活动迅速展开。 当士兵们以铁证直指昔日长官，戳穿其屠杀、掠夺的罪行时，被揭发者终于威风扫地。 “土法攻坚”成效显著：战犯们交代、揭发罪行材料达1.4万件；调查组分赴12个省市，最终取得控诉书、证人证言等关键证据2.8万余件。内外夹击之下，铁幕被层层撕开。
一场规模空前的证据搜集行动在全国展开。 “东北工作团从全国抽调200多人，展开大规模调查取证。从战犯任职地点的档案到伪满报纸，从战犯同僚的供词到战犯亲友的走访，我们常常为了到现场掌握第一手材料而远赴千里。”参与侦讯的东北工作团检察员郭春来当时负责伪满系统的调查取证，他和同事翻遍了从东北各地调取的行政文书、会议记录和决策记录等，最后从种类庞杂的材料中查找到了确凿的证据，如当时会议的参与者、命令的下达者、被逮捕者、命令执行者，甚至是日本战犯亲笔签署的命令等，并都形成了文字记录。
这场历史性审判的背后，是工作组对海量证据材料的严格把关。最终用于定案的证据体系庞大而严谨，总计达18418件，包括：被害人和被害人亲属控诉书1706件，当地居民的证明和检举618件；战犯同僚和部下的证词材料487件，查询有关笔录298件；有关档案文件410件（包括文件照片363件），书报23份；罪行照片137件，各种勋章、奖状6件，物证127件，其他材料720件；控诉和检举材料6489件，证明材料439件，调查报告1892件，其他材料2100件。
记者走进管理所，一排排整齐的监舍曾是战犯们生活和学习的地方。墙壁上的历史照片无声地记录着战犯们心灵的深刻转变。收押初期，多数日本战犯自认是“战俘”而非“战犯”，强烈对抗改造。面对这些罪行累累的战犯，中央明确指示，要把他们改造好，让他们变成新人，这对我们国家、民族会有长远的意义。 一场史无前例的“灵魂之战”悄然展开。
